В соответствии с лицензией Министерства образования и науки России Университет ведет подготовку по программам среднего общего, среднего профессионального, высшего и дополнительного образования. Государственные дипломы и сертификаты Университета соответствуют требованиям международных Конвенций и признаются всеми странами мира. По морским специальностям Университет аккредитован в Совете Европы и Международной морской организации.

Университет готовит кадры по 30 специальностям и направлениям подготовки высшего образования, 6-ти специальностям СПО. 3 института, 5 факультетов, 27 кафедр, филиалы в г. Ростове-на-Дону, г. Севастополе. Для организации учебного процесса в Университете имеются учебно-лабораторный комплекс с блоком поточных аудиторий и три учебных корпуса, более 500 лабораторий и учебных классов, электронный читальный зал, библиотека с книжным фондом около 400 тыс. экземпляров.

Университет располагает современным комплексом тренажеров и симуляторов, имитирующих судовое оборудование. В том числе тренажер управления и маневрирования судном, тренажеры систем связи и электронной картографии, применяются современные образовательные дистанционные технологии. На базе Института повышения квалификации организованы и постоянно действуют курсы повышения квалификации судового персонала (более 150 видов подготовки). Ведется подготовка научно-педагогических кадров, работает диссертационный совет по защите кандидатских и докторских диссертаций.

В Университете работает более 300 преподавателей, среди них профессоров и докторов - 43, доцентов и кандидатов наук - 198.

Сегодня Университет представляет собой современный научно-образовательный комплекс, осуществляющий подготовку кадров для транспортной отрасли экономики страны по полному циклу подготовки: школа-колледж-ВУЗ-аспирантура-докторантура.

В Университете обучается более 7 тысяч человек. За время своего существования было подготовлено более 35 000 специалистов.