История «Мосинжпроекта» тесно связана с историей Москвы. Когда в конце 1950-х годов в столице началась массовая застройка новых территорий, возникла необходимость в организации, способной осуществлять комплексное проектирование для строительства инженерных сооружений и создания сети подземных коммуникаций. После объединения в единый центр подразделений Главмосстроя – институтов «Мосподземпроект» и «Дормостпроект» – решением исполкома Моссовета от 28 октября 1958 года образован Институт по изысканиям и проектированию инженерных сооружений «Мосинжпроект».

При непосредственном участии АО «Мосинжпроект» с 2011 года в столице построено и введено в эксплуатацию 70 новых станций и свыше 150 километров линий подземки, а также 11 электродепо, включая реконструированные